Sungai Grugu berpunca di kawasan perhutanan di Hutan Simpan Mukah Hills dalam Daerah Selangau, Sarawak iaitu lebih kurang 8.52 kilometer (5.3 bt) ke bahagian timur laut dari Nanga Arau. Aliran air Sungai Grugu adalah kebanyakan menuju ke arah selatan untuk menghampiri penamat. Setibanya di penamat, Sungai Grugu akan membuat pertemuan dengan Sungai Arau dan terus mengalir ke Batang Mukah. Pertemuan dua sungai ini terletak di lebih kurang 7.56 km (4.70 bt) ke bahagian timur laut dari Nanga Arau.[1][2]

Sungai Grugu mengalir sepanjang kira-kira 1.35 kilometer (0.8 bt) dari punca ke muaranya di Sungai Arau. Punca bagi Sungai Grugu terletak di ketinggian di antara 510 dan 530 meter (1,673.2 dan 1,738.8 ka) dari atas paras laut manakala muara sungai bagi Sungai Grugu pula terletak di ketinggian di antara 160 dan 180 meter (524.9 dan 590.6 ka) dari atas paras laut.[1][2]